2025년 4월 23일
RNA 및 DNA 표적 분자를 발굴하고 최적화하기 위한 계산적 전략
정확한 핵산-리간드 결합 예측은 현재의 전산적 방법론에 있어 여전히 중요한 과제로 남아 있다. 이러한 한계로 인해, 항암, 항바이러스, 항균 잠재력을 지닌 물질을 포함하여 RNA 및 DNA 활성을 조절하는 소분자 약물 개발에 있어 인실리코(in silico ) 접근법의 적용이 제한되어 왔다.
이번 웨비나에서는 Schrödinger의 첨단 전산 솔루션이 소분자를 통해 RNA 및 DNA 시스템을 정확하고 효율적으로 표적화할 수 있도록 지원하는 방법을 소개합니다. RNA 수용체를 대상으로 한 구조 기반 신약 개발을 가능하게 하는, in silico 히트 발굴 워크플로우의 최근 개선 사항을 시연할 예정입니다. 또한, RNA 및 DNA를 표적으로 하는 신약 개발 프로그램에서 상대적 결합 자유 에너지 섭동을 활용하여 리간드-수용체 상호작용( lead optimization )을 신뢰성 있게 유도한 별도의 연구 결과를 중점적으로 소개하겠습니다. 이 연구를 통해 다양한 리간드 및 수용체 분류와 여러 리간드-핵산 결합 모드에 대한 체계적인 사후 평가 사례를 살펴볼 수 있을 것입니다.
웨비나 하이라이트
- Glide, SiteMap 및 절대 결합을 활용한 소분자의 RNA 및 DNA 도킹 방법에 대한 이해를 높이고, 관련 최신 연구 결과를 살펴봅니다. FEP+
- 상대적 결합력을 바탕으로 RNA 및 DNA 표적 분자를 최적화하기 위한 전략을 살펴봅니다. FEP+
연사 소개
아라 아브라미안
응용과학 부문 수석 연구원 I, Schrödinger
아라 아브라미안(Ara Abramyan)은 애플리케이션 사이언스(Application Science) 그룹 소속으로, 고객들이 신약 개발 과정에서 Schrödinger의 신약 개발 제품군을 활용할 수 있도록 지원하고 있습니다. 고객 지원 업무 외에도 아라는 IFD-MD, Desmond, FEP+ 등 다양한 워크플로우를 활용하여 핵산 및 막 수송체 기반 시스템과 관련된 대내외 협업 프로젝트를 주도하고 있습니다. Schrödinger 에 합류하기 전, 아라는 미국 국립보건원(NIH)에서 박사후 연구원으로 재직하며 분자 동역학(MD) 시뮬레이션과 마르코프 상태 모델을 활용해 신경전달물질 수송체 시스템에 결합하는 화합물에 관한 프로젝트를 주도했습니다. 그 이전에는 필라델피아 과학 대학교(University of the Sciences in Philadelphia)에서 박사 학위를 취득했으며, 폴다머와 폴다머-DNA 시스템을 대상으로 분자 동역학(MD) 및 메타다이나믹스 시뮬레이션을 수행하는 한편, 폴다머를 정확하게 설명하기 위한 힘장의 매개변수화를 연구했습니다.
게리 장
히트 디스커버리 이사, Schrödinger
게리 장(Gary Zhang) 박사는 Schrödinger 도킹 기술의 제품 매니저입니다. 게리 박사는 Schrödinger 도킹 도구의 성능을 향상시키고 적용 범위를 확대하는 팀을 이끌고 있습니다. 그는 듀크 대학교에서 생물학적 시스템 내 전하 이동 경로의 공학적 연구로 박사 학위를 취득한 후, 스크립스 연구소(Scripps Research)에서 펩타이드 도킹 성능 향상을 주제로 박사후 연구를 수행했습니다.