화합물의 막 투과성은 신약 개발에서 중요한 지표 중 하나이며, 예측 정확도를 높이고 그 기전을 규명하는 데 기여할 수 있는 계산 기술의 확립이 크게 기대되고 있습니다. 이러한 배경 하에, 최근에는 분자 동역학(MD) 계산을 기반으로 한 다양한 계산 기법이 주목받고 있습니다.

막 투과성을 결정하는 물리적 메커니즘으로는 지질막에 대한 용해도와 확산성이 주요 요인으로 간주되며, 이를 다루기 위해 비균질계에 대한 용해-확산 모델이 일반적으로 사용됩니다.

이번 세미나에서는 막 투과성 예측을 위한 최신 MD 접근법으로 다음 내용을 소개해 드리겠습니다:

• 용해도 예측에는 Symmetrized Well-Tempered Metadynamics (SWTM)를, 확산성 예측에는 일반화된 랑주반 방정식을 활용한 막 투과성 평가 접근법
• 상기 접근법을 저분자 화합물에 적용하고, 막 투과 분석법(Horizon-LBA)과의 비교를 통해 검증한 결과
• SWTM에 레플리카 교환 MD를 결합하여, 매크로사이클 화합물이나 PROTAC 화합물과 같은 복잡한 시스템에 대한 적용 가능성을 검증한 결과

발표자

슈뢰딩거 주식회사 수석 과학자
이노우에 카미타카